Los metabolitos secundarios son compuestos orgánicos producidos por bacterias, hongos o plantas los cuales no están directamente involucrados en el crecimiento, desarrollo o reproducción normal del organismo. Los metabolitos pueden inhibir a una enzima o activar otra ruta metabólica. Ayudan a la protección, la competencia y las interacciones entre especies, pero no son necesarios para la supervivencia. Ejemplos de metabolitos secundarios: saponinas, taninos, aceites esenciales, compuestos órgano sulfurados y flavonoides. Terpenos, fenólicos, glucósidos y alcaloides.